《刑法》规定，抗税罪是指纳税人、扣缴义务人违反国家税收征管法规，以暴力、威胁方法拒不缴纳税款的行为。而妨害公务罪指以暴力、威胁方法阻碍国家机关工作人员依法执行职务，阻碍人民代表大会代表依法执行代表职务，阻碍红十安会工作人员依法履行职责的行为;或者故意阻碍国家安全机关、公安机关依法执行国家安全工作任务，未使用暴力、威胁方法、造成严重后果的行为。从二者的定义不难看出，抗税罪与妨害公务罪有着许多区别：
一、犯罪主体不同。抗税罪的主体是特殊主体，只有纳税人和扣缴义务人才能构成。妨害公务罪的主体是一般主体，任何具有刑事责任能力，达到刑事责任年龄的人均可以成为其主体。如果行为人不具有纳税人或扣缴义务人的身份，而是以第三者的身份，以暴力、威胁方法参与抗税，其行为构成妨害公务罪而不是抗税罪。但需要注意的是，不具备抗税罪主体资格的人员如果唆使、煽动纳税人、扣缴义务人抗税或者以其他手段共同实施抗税的，可以抗税罪的共犯论处。
二、犯罪客体不同。抗税罪侵犯的客体是国家的税收征收管理制度，以及执行税收征管活动的税务机关工作人员的人身权利。妨害公务罪侵犯的客体是国家机关的正常管理活动，以及执行公务的国家机关工作人员的人身权利。两罪侵犯的客体之间存在竞合部分，按法条竞合理论，如果侵犯的是税收征收管理活动，一般适用特殊法条，即以抗税论处。如果侵犯的是税收征收管理活动以外的其他国家机关的正常管理活动则应以妨害公务罪论处。
三、犯罪故意的内容不同。抗税罪和妨害公务罪主观方面都属于故意，但两者之间的故意内容却不相同。抗税罪的故意是指行为人明知自己应当纳税，却有意针对税务机关工作人员采取暴力、威胁手段，以达到不缴或少缴税款的目的。妨害公务罪的故意则是指，行为人明知国家机关工作人员正依法执行职务，却为了使其不能依法执行职务而对其采取暴力、威胁手段进行阻碍。因此，一般来说，在对税务机关工作人员实施暴力或威胁手段的场合，如果行为人是出于不缴或少缴税款的目的，应以抗税罪论处。如果行为人不是出于不缴或少缴税款的目的，则应以妨害公务罪论处。