1.正确界定与其他渎职犯罪相区别的标准
食品监管渎职罪与刑法第九章所规定的其他渎职犯罪相区别的标准相对来说是比较容易的。在笔者看来其相区分的根本标准在于渎职行为是否发生在食品安全监管领域，譬如违法发放林木采伐许可证罪是发生在林木管理领域。其与食品安全监管领域有着质的差别。另外一个比较重要的标准就是渎职失职行为是否导致重大食品安全事故或者造成其他严重后果，这里所说的“造成其他严重后果”应当是指造成与食品安全事故有关的其他严重后果。食品安全监管渎职罪与商检徇私舞弊罪、商检失职罪、动植物检疫徇私舞弊罪、动植物检疫失职罪都可能发生在食品安全领域，因而其区分标准不似违法发放林木许可证罪、徇私舞弊不征、少征税款罪那样明显。但我们可以抓住“食品安全”这个关键词对其作出区分，也就是说商检、动植物检疫等有关国家机关工作人员在对食品安全履行监管职责过程中，因渎职失职行为发生重大食品安全事故，或者说是发生与食品安全事故有关的其他严重后果，那么就认定为是食品安全监管渎职罪。反之如果其渎职失职行为没有发生重大的食品安全事故或造成与食品安全事故有关的其他严重后果，则就以商检徇私舞弊罪、商检失职罪、动植物检疫徇私舞弊罪、动植物检疫失职罪的相关规定定罪处罚。对于食品监管渎职罪与滥用职权罪、玩忽职守罪、放纵制售伪劣商品犯罪行为罪的区别。根据前述的区别标准，则应按此进行区分，如果卫生行政部门、农业行政部门等负有食品安全监管职责哦国家机关工作人员在对食品履行监管职责的过程中，如果因为其渎职失职行为发生重大食品安全事故，或者说是发生与食品安全事故有关的其他严重后果，则以食品安全监管渎职罪定罪处罚。倘若没有发生与食品安全事故相关的结果则就按滥用职权罪、玩忽职守罪、放纵制售伪劣商品行为罪的相关规定定罪处罚。
2.正确认定其立案标准
在“两高”尚未出台食品监管渎职罪立案标准的司法解释的情况下，能否参照其他渎职犯罪的立案标准的问题。笔者认为是可行的，因为刑法是一门实用性很强的科学，如果没有立案标准那么食品监管渎职罪就不能适用于实际生活，就会被束之高阁。其他的渎职犯罪与食品监管渎职罪同属于刑法第九章所规定的渎职类犯罪，因此其总会存在某些共性，在其没有相应司法解释以解决立案标准的问题之时，参照其他渎职犯罪的立案标准就是一个可行的选择。但在此种情况下其应受到以下两个条件的制约。其一为所参照的渎职犯罪的刑罚应等同于或者说高于食品安全监管渎职罪的刑罚。这是因为如果所参照的渎职犯罪的刑罚低于食品监管渎职罪的刑罚，那么就会降低食品监管渎职罪的入罪门槛，这对行为人来说是不利的。其二为所参照渎职罪的立案追究情形必须是与食品安全事故有关的情形。
从我国的现行刑法体系来看，与食品监管渎职犯罪相关的犯罪主要有第412条以及413条。食品监管渎职罪所参照的立案标准也应是上述罪名的立案标准。现分情形阐述如下：
依照现行刑法的规定，第412之一的“商检徇私舞弊罪”以及第413条之一的“动植物检疫徇私舞弊罪”与食品监管渎职罪的处罚幅度基本上式一致的。因此“如果商检部门、动植物检疫部门的国家机关工作人员在履行食品安全监管职责的过程中有徇私舞弊并具备相关情形的行为，就可以参照商检徇私舞弊罪、动植物检疫徇私舞弊罪的立案标准对其给与追究。”
第412的“商检失职罪”以及第413条的“动植物检疫失职罪”刑法只规定了“三年以下有期徒刑或者拘役”一个量刑档次，而刑法第414条的“放纵制售伪劣商品犯罪行为罪”刑法也只规定了“五年以下有期徒刑或者拘役”一个量刑档次。这三个罪与食品监管渎职罪相比其法定刑明显低于后者，根据前文所述的限制条件，如果商检部门、动植物检疫部门以及其他对生产、销售伪劣食品犯罪行为负有追究责任的国家机关工作人员在履行食品安全监督管理职责的过程中有渎职犯罪行为就不能参照商检失职罪、动植物检疫失职罪、放纵制售伪劣商品行为罪的立案标准以食品监管渎职罪追究其责任。
刑法第397条所规定的“滥用职权罪”、“玩忽职守罪”在没有徇私舞弊情节时有连个量刑档次即“三年以下有期徒刑或者拘役”以及“三年以上七年以下有期徒刑”。在有徇私舞弊情形时也有两个量刑档次即“五年以下有期徒刑或者拘役”以及“五年以上十年以下有期徒刑”。可以看出在有寻徇私情节的情况下，滥用职权罪与玩忽职守罪的法定刑是大致一样的。因此，食品监管渎职罪可比照具有徇私舞弊情节的滥用职权罪、玩忽职守罪的立案标准对其进行责任追究。
3.正确界定其主观罪过
如果两个犯罪行为所违反的法律规范是不同的，但所造成的危害结果是相同的，那么此两个犯罪行为的罪过形式就不一定是相同的。以交通肇事罪和故意杀人罪为例，如果两个犯罪行为都造成了致人死亡的结果，但交通肇事行为和故意杀人行为所侵害的客体是不一样的。因此两犯罪行为的罪过形式就是不一样的。同理如果两个犯罪行为所侵害的客体是一样的，但所造成的结果不一致时，那么此时两犯罪行为的主观罪过就是一样的。现以故意杀人罪为例，如果一行为造成致人死亡的结果，另一行为造成致人重伤的结果。虽两行为所导致的结果不一致，但其主观罪过却是一样的。因此不管是滥用职权罪还是玩忽职守罪其所侵害都客体都是单一客体。从这个意义上来说，以复合罪过说理论来证实食品监管渎职罪的合理性就是站不住脚的。
从我国刑法第14条、第15条的规定可以看出故意与过失两种心态的主观恶性是不一样的，故意的主观恶性要大于过失。而对故意犯罪的处罚比过失犯罪的处罚重是刑法罪责刑相适应原则的基本要求。而食品监管渎职罪却将故意与过失规定在同一罪名的同一法条中，且设置了相同的法定刑。这不仅会导致刑法理论认识的混乱，而且也会导致司法机关在实践中量刑的困难，从而不利于贯切罪责刑相适应的刑法基本原则。对此有些学者也提出了自己不同的观点，其认为两罪所侵害的都是国家机关的正常管理活动，都有可能导致公共财产、国家和人民利益遭受重大损失的结果。因此对两罪的法律评价就不会因为行为人的不同主观罪过而有所差别，而且还引用刑法第397条的规定来证明其结论的合理性。对此笔者是深为不赞同的，况且刑法第397条的规定本身就引发学界争议不断，是不能将其作为论据来使用的。
为了切实贯切刑法罪责刑相适应的基本原则，将故意犯罪和过失犯罪分开立法且制定不同的法定刑才是理想的选择。对此也有学者提出了自己不同的看法，他们认为不管是第397条的滥用职权罪、玩忽职守罪，还是第408条所规定的食品监管渎职罪，其虽对滥用职权与玩忽职守的行为规定了相同的法定刑，但仍然是可以体现两者社会危害性的差异的，比如说司法机关可以根据故意与过失犯罪的不同主观恶性得出不同的宣告刑。但这种观点实则是碍于现行立法情形下不得已的主张。滥用职权与玩忽职守行为的主观罪过是不同的，即使其所造成的危害后果是相同的，但两罪的社会危害性也是肯定不同。那么在食品监管渎职罪中刑法对两行为制定相同的定罪标准即“导致发生重大食品安全事故或者其它严重后果”的公正性和公平性就很是值得怀疑。因此笔者认为应将“食品监管渎职罪”分为两个罪名即“食品监管滥用职权罪”和“食品监管玩忽职守罪”，并且采取分条立法的形式，将食品监管滥用职权罪的法定刑制定得高于食品监管玩忽职守罪的法定刑，使其两罪相区别开来，才是公平、公正的选择。